有的寺院，寺主（即最高负责人）是住持；有的寺院，寺主是方丈；有的寺院，既有住持，又有方丈……住持和方丈到底有什么异同？
住持
最开始，住持是动词，意思是“安住之、维持之”。《圆觉经》中就有：“一切如来，光严住持。”意思就是，一切佛都安住在光明庄严的境界里，住持佛法。后来住持被引申为名词，即代佛传法、续佛慧命之人。将寺院的寺主称为“住持”，是唐代百丈怀海禅师创立丛林清规时所制定。
最初禅宗大德们很多都是苦行僧，在山林中、岩石下穴居；有的则寄居在律宗寺院之下，虽然另设别院，但在其中说法住持，都不能合法。所以，百丈怀海禅师别立禅居之制，创立清规，禅宗才开始有自己的寺庙。《百丈清规》设立“住持”一职，将寺院寺主成为住持的说法，便固定下来。
住持有三种职务，即说法、安众、修造等。其他职务则另立八大班首等来执行，以保证寺院秩序的井井有条，四众得以安心修行。
方丈
方丈最初是个名词，但是指的却是一丈四方之室。据《维摩诘经》载，身为菩萨的维摩诘居士，其卧室一丈见方，但却能广容大众，为他们讲经说法。禅寺比附此说，因此将住持的居所也称之为“方丈”。所以最初，住持也被成为“方丈”。
寺院新任住持初入寺院继承法务，必须举行一定的仪式，称为晋山式，晋即进的意思，山就是指寺院。因为住持在晋山时，必须升高座说法，所以又可以称为“升座”。
本来，最初的“升座”仪式是比较简单的，到了宋、元、明及近代丛林所实行的晋山式则渐趋于隆重复杂，很多大寺院才有能力去做。而大寺院的住持大多德性、说法与其他普通寺院的住持相比都极为出众，慢慢的便有了住持“升座”后才能成为“方丈”的共识。
主持与方丈的区别
简单来说，方丈可以理解为“升级版”的住持，住持进行“升座”仪式之后才能成为方丈。
具体而言，现代的住持和方丈还有如下区别：
（1）方丈一般是接受传法的和尚 ，有法卷可证明其传承，住持则可以不必；
（2）有方丈的丛林必须制度健全，人员、规模等都有一定的要求，而有住持的寺院则未必；
（3）方丈往往具有一定影响力，如现在的方丈需要经省佛教协会批准、中国佛教协会备案，住持则不需要；
（4）方丈可以兼任多个寺庙，而住持则不能。