受闽越崇蛇习俗的影响，唐宋以来直至明清近代，福州各地的崇蛇习俗仍很流行，许多地方建有蛇王庙，塑蛇神之像，香火以祀。福州市区内唐宋以来建有闽越王庙，其中附祀蛇神，民众祀之日盛。据明代谢肃《谒镇闽王庙》诗前小引介绍，闽越王庙内“王有二将，居左右，曾化青红二蛇，见香几间以示显灵，闽人有祷即应。”这首诗是：“钓龙台临江水隅，上有王殿祠亡者，闽地称王于禹后，汉朝封国在秦余。潮喧鼓吹来沧海，云拂旌旗拥碧虚，自古神明归正直，双蛇出没定何如?”
谢肃是浙江上虞人，明洪武年间(1368—1398)举明经，历官福建按察使佥事，著有《密庵稿》。由于他在福州任职有时，因此这一记载应是可信的。此后的一些方志如明代的《八闽通志》及清乾隆《福建通志》等，都有类似的记述。清乾隆《福州府志》卷14记之尤详：“闽越王庙，在钓龙台西，祀闽越王无诸。汉高帝五年封为闽越王，受册于此，后人即其地立庙祀之。……唐大中十年复建，宋时赐号显圣武勇王庙，左右二人王之牙将也。熙宁中，民兵出戍熙河，二将现云端，战遂克。政和间复戍桂府，征蛮之际，二将复现云端，降大雹飞黄蜂以退蛮兵……居民咸谓神助，乃大新祠宇。建楹日有青红二小蛇蜿蜒香几间。升梁及奉二王像入庙，二蛇屡见。庙成，俞向将临视前一夕梦神人青色者来谢。祀毕青蛇忽现王左之前而神之容色一如所梦。有司以闻，赐庙额‘武济’，六年追封为镇闽王。二将左封灵应侯，右封显应侯。……明洪武十年，布政使叶茂祷雨获应，疏闻诏下礼官议从神故封称汉闽越王之神。庙有田为守者……庙故有井通江潮，其深叵测，有龙居之，祷雨屡应。”另据明代福州人王应山《闽都记》卷11、郡东闽县胜迹条记载，闽县东有一龙窟，“旧记云山穴有蟒，天骄蜿蜒，额有王字，人以为龙也，祀之，故名。”类似的蛇神庙明清时期在福州南台等地仍有所见，今大多不复存在。
此外，当时民间的一些妇女多见戴蛇簪或盘蛇形髻者，别有风味。如清人施鸿保《闽杂记》说福州郊外农妇“多戴银簪，长五寸许，作蛇昂首之状。插于髻中间，俗称蛇簪”。清人彭光斗《闽琐记》云：“髻号盘蛇者，昔人咏以为美意，亦如时下吴妆耳。及见闽妇女，绾发左右，盘绕宛然。首戴青蛇，鳞甲飞动，令人惊怖洵怪状也。”这类装饰亦当包含了崇蛇遗风在内，诚如施鸿保《闽杂记》所言：“或云许叔重《说文》云：闽，大蛇也，其人多蛇种。簪作蛇形，乃不忘其始之义耳。”
明清以来乃至近现代，福州周邻仍残留着一些崇蛇遗迹或遗俗。据田野调查资料表明，与福州市邻近的闽侯、福清、连江等地，都流存着一些崇蛇的遗迹遗俗。如闽侯县洋里乡仙洋村，至今保存着一座建于清代初期的蛇王庙。该庙为三进构造，规模较大，当地人称之为大王庙或蛇王宫，遗留的神像上雕有蛇等物。福清有著名的黄蘖山“九使”蛇神的传说及崇拜遗迹。连江县的崇蛇遗迹遗俗，见于品石岩蛇神庙及有关习俗。品石岩蛇神庙崇祀的也是“九使”蛇神。
福建疍民最早的祖先是闽越人，因此，闽越人的崇蛇习俗也直接、长久地流传于广大疍民之中。福建疍民的崇蛇习俗在明清两代直至近现代仍很流行，其中以闽江流域的疍民为盛。清光绪二十九年(1903年)，《侯官乡土记》说侯官境内“蜓之种为蛇”。福州等地疍民的崇蛇习俗在明清时期的一些方志笔记乃至民间传奇小说如《闽都别记》都有记述，如清人郁永河《海上纪略》云：“凡(福建)海船中，必有一蛇，名曰木龙。舟船成日即有之，平时曾不可见，亦不知所处。若见木龙去，则舟必败。”此处之蛇，成为海船的保护神。疍民较常见的崇蛇活动，莫过于崇祀福建民间传说已久的“九使”蛇神。“九使”蛇神的传说主要流行在闽中地区，据明人徐《榕荫新检》引《晋安逸志》记载：“唐僖宗时，福清黄蘖山有巨蟒为祟，邑人刘孙礼妹三娘，姿色妖艳，蟒入摄洞中为妻。孙礼不胜愤恚，必死之。遂弃家远游，得遇异人，授以驱雷秘法，归与蟒斗。