琴峰书院在饶平县三饶镇琴峰山东南麓，因其山形似琴台，故名。曾是饶平县的最高学府，现位于饶平县三饶镇中心小学范围内。清乾隆二十年（1755）以明嘉靖初年创办的三饶社学易名在城书院，翌年，又易名为三饶书院，清光绪三年（1877）定名为琴峰书院。
琴峰书院建于清乾隆元年门（1736年），座西北向东南，面阔16.6米，进深24.8米，占地近2600多平方米，建筑面积约1200平方米。依山而筑，前低后高，前厅与两旁厢房是2层木结构楼房，连成凹字形。两廊上下各有厢房10间，为生员宿舍，中间是天井，从天井沿两侧石阶可拾级登上后厅讲堂。前厅楼上题名“雨化楼”，取“春风化雨”之意。院左侧建“义举词”，置曾于此任教的举人名牌；右侧建“先贤词”，塑立关云长、岳飞等神像。门匾镌阳刻篆书“琴峰书院”，前埕靠小学大门右侧内墙立有《饶平县知县正堂……》碑、《潮州府饶平县为义学之经费……》碑和《饶平县为详请酌定师生膏火……》碑等三通碑刻，年代不详，部分字迹模糊难辩。
迨至清末废科举，琴峰书院改为饶平县立高等学堂。解放后改为三饶镇小学。
1988年10月被列饶平县第二批重点文物保护单位。