华祖庵是后人祭祀东汉神医华佗的庙祠，安徽省重点文物保护单位，位于市区曹魏遗迹斗武营和先医庙、神农氏衣冠冢之间。
华佗辞世后，家人流散，故居被水冲坏。直至李唐之时，才在他故居前起造了一座庙祠。因庙堂不大，又为女尼住守，故名"华祖庵"。至明末清初，由于亳州商业一度繁荣，民间富庶，又重修扩建。《亳州志》载：干隆辛巳年间修，嘉庆二年复修。时安徽巡抚题额日：“燮理通微”，联曰：“五戏转灵枢，道本皇轩仙位业；四轮消劫运，功参帝释佛菩提”。同治年又重修。
华祖庵原有山门、耳房、大殿、东西配殿及后禅院（即故居旧址），门外双狮雄踞，院内古木虬枝盘空，殿宇辉煌，肃穆庄严，长年香火不断。每年农历九月初九为华祖诞辰庙会，朝拜胜迹者，更是车水马龙。
亳州人民为弘扬华佗的高尚医德，继承和发扬其在医药上的卓越成就，1962年由亳州医学界发起筹建华佗纪念馆和华佗学术研究会。中国社会科学院郭沫若院长题写“华佗纪念馆”匾额。正殿内重塑华佗金身。这里陈列着大量的华佗医史文献和实物资料，及近年来研究会对华佗医学探讨的成果论文，还有亳州华姓献出的铜器和老中医捐赠的家藏数代的华佗木雕像。壁间悬挂着扁鹊、华佗、张仲景、葛洪、巢元方、孙思邈、李时珍、叶天士等历代名医像和国内外专家学者的题词、绘画。东西两跨院月洞门上分别有“得神者昌”、“济世”、“回春”的古朴砖雕。西配殿有“跋山涉水、采药济世”、“五禽之戏，延年益寿”、“麻沸散成，刀圭夺命”等数组蜡像。东偏院内，华佗自怡亭翘首昂然，亭上楹联云：“自是闲云野鹤，怡然流水瑶琴”。
穿过庙祠．就是华佗的故居，元化草堂耸立于高台之上。东厢益寿轩是他当年看病的地方。西厢是他的药房，名存珍斋，内里陈列着亳产的百余种中药草标本和以华佗配方研制或命名的中成药。整个院落，回廊相接，其间松苍柏老，竹翠梅寒，绿阴沉沉，朴实无华，与庙祠相映生辉，一片清砖灰瓦的古建筑，更显得古香古色，典雅文静。
越过故居，就是药园。垂柳吊槐覆盖下的药池，晶莹泛绿，药圃沉静，垂柳玉立。一片竹篱柴扉间，植满了芍药、白菊、牡丹、紫菀、枸杞和野生的车前子、二花、二丑、曼陀罗等百余种药草，真是名副其实的"药圃流香"。新修复的神医阁，岿然人云。课徒馆和五禽戏坛，都耸立在碧水绿树之间，使人虚静而神怡，悠思千古，缅怀无涯，愿华翁早日化鹤归来，以睹旧地新颜。
华佗纪念馆自开放以来，以其神医的崇高精神和古朴典雅的古建筑群，吸引着国内外游客，华祖庵已成为我国研究华佗学术的中心，历史文化名城亳州的一个景点。