石首以“有石孤立”于城北的石首山为名。
据后晋刘煦《旧唐书·地理志》载：石首县“取县北石首山为名”。明万历《湖广总志》第四载“石首山，县北三里江边，有石孤立，故名。”明曹学佺撰《大明一统名胜志•荆州府》卷八载：“石首山在县北大江中，有石孤立在北山之首，县以此名。”清顾祖禹撰《读史方舆纪要》载：石首山“县北三里江滨，有石孤立，在北山之首，县以此名。胡三省《资治通鉴注》卷二百六十六载孙宗鉴曰：自竟陵（今天门）南至大江，并无丘陵之阻，渡江至石首，始有浅山。石首者，石自此而首也”。清代乾隆元年（1736年）《石首县志》载：“自荆而下，至县，始有山突出，山多石，名石首山”，又载“石首山距县城西北，两面俱临大江，其山皆有石至巅，故名”。乾隆60年（1795年）《石首县志》载“石首山，在县西一里，面临大江，有石孤立于此山之首，县因以名。” 同治五年（1866年）《石首县志》载：“石首东通鄂州，西连归峡，南贯洞庭，北连汉沔，直荆楚要冲地也。县以上数十里无山，至此，北口滨乃有群峦突出于平衍之中，巍峨磅礴，环绕如画。”清光绪《荆州府志》卷三引唐李吉甫《元和郡县志》云“在县北江中，有石孤立，为北山之首，因名”等等均表明石首县因石首山而得名，而石首山以“有石孤立”命名。
石首地处江汉平原与洞庭湖平原交接处，襟长江边突兀屹立着两列小山群。其中北面临江一列（由东至西）分别为东岳山（原称楚望山）、绣林山（原称阳歧山）、石首山；另一列分别为南岳山（原称龙盖山）、马鞍山、笔架山（文峰山）。其中最北的山原为石首山（已消失），石首山东北与绣林山相连。因其山在首位抵挡长江水流，取“山在首”的之意命名为石首山。西晋太康五年（284年）置县时，县署驻于石首山麓。唐显庆元年（656年），移县治于阳岐山（今绣林山）下。据说因县治被长江水淹没之故（也或许是石首山被江水冲刷导致崩塌），以至于唐末时石首山已成为四面环水，仅露出孤立的山峰，即所谓孤立的石头，而到宋元之际，石首山完全消逝了。这从元末县治署楚望山（今东岳山）北，洪武年间徙治绣林山左可知。以至于如今临长江边的东岳山（原称楚望山）被误认为是石首山。东岳山海拔72.7米（海拔150米），西北临江削壁如墙，面积约500平方米。因20世纪70年代末开山取石，已夷为平地，仅剩遗迹（残山）。
附：石首历史沿革
春秋战国属楚，秦属南郡。汉华容县地。三国时，先后属蜀、吴。西晋太康五年（284年），析华容县西南境置石首县，因县城北部石首山而得名。南北朝宋元嘉十七年（440年），撤石首县入华容，至北周废华容入监利。唐武德四年（621年），复置石首县。显庆元年（656年），移县治于阳岐山下。北宋乾德二年（964年），分石首东部故白臼巡院升置建宁县，又以万庚巡院升置万庾县，与石首三县并存。不久，废万庾县入建宁县。宋熙宁六年（1073年）废建宁入石首。宋元祐元年（1086年），复置建宁县，与石首县并存。宋崇宁五年（1106年），复废建宁入石首，属荆州府。元明清属之。1914年属荆南道。1921年属荆宜道。1919年属沔阳专区，1951年属荆州专区。1970年属荆州地区。1986年5月27日，国务院批准撤销石首县，设立石首市（县级）。