河川的祭祀与捕鱼有关，目的也是祈求渔获物丰收和渔人安全。台湾原住民大体皆知捕鱼，但对河伯的祭仪则不大普遍。曹族在狩猎祭后数日，各氏族的男子都在河边祭祀河伯，称为“密敖斯古”。阿美族在收获祭之后也有集体捕鱼，带有河川祭的意思。住在兰屿的雅美人，因捕鱼在经济生活中占有重要地位，有关捕鱼的祭仪不少，有飞鱼渔祭、渔组结成祭、渔组招鱼祭、小船初渔祭、个人渔中止祭、食飞鱼祭、飞鱼干收藏祭、飞鱼终食祭等。
鱼祭
原住民花莲大港口阿美人祈神丰渔的祭仪。通常在农历五月间一月夜举行，由年青人携兽肉、糯糕、酒等到秀姑峦溪口祀奉鱼神，祭司祈祷丰渔。祭毕，大家下海网捞或垂钓，各逞其技，翌日中午回村前，将所捕鱼虾当场烹煮，并全部吃尽，禁忌剩余。尔后，青年级首领令参加者奔跑汲泉水饮用。鱼祭当天禁忌上山农作，否则祭祀失灵，一年捕鱼无获。
船祭
原住民阿美人纪念祖先开基、祈神赐福的传统祭祀，又称“海祭”。源于祖先神话：相传古时，阿美人女始祖里漏所部客居异乡，她的儿子基波托与海神沙依宁交游甚笃，情同手足。海神向基波托传授游泳、造船、驾船与祭船等技艺，还一同制造了三艘黑心本古船。后来里漏率众出海，遭遇风暴，三艘古船载其脱险，于台湾东岸登陆，开基建社。为感谢海神及古船的恩赐，后人遂设祭祀奉。
祭仪原为十四年举行一次，后改为七年举行一次。通常在七八月问卜日举行，为期十天。祭前，在当年里漏始祖登陆的海滩搭建一大茅草棚、船屋及祭坛。行祭时按长序级别入棚落座，由长老主祭，面对大海祭拜船屋里的古船，祈海神和祖灵保佑人寿年丰。此时，禁忌女性人内。祭毕，男女青年席地宴飨，向长老敬樽致谢。
宴飨之后，举行隆重的“试船祭”，即按六至八人编组，分批乘古船划浆出海，约百米之遥折回，如此往复。青年模拟当年祖先登陆情景，操浆击水，齐唱古战歌；岸上观众群情激昂，歌舞助兴，直至试船完毕，将古船放回原处供奉。宴飨歌舞，连日不歇。
飞鱼祭
原住民雅美人酬谢飞鱼王，祈神丰渔的传统祭仪。源于神话：
雅美人以猎捕飞鱼为生，世居的兰屿岛是太平洋黑潮暖流的必经之地，鱼类靡集，尤以飞鱼为最。相传太古时，雅美人祖先梦见黑色飞鱼王翩然而至，禀告渔汛、捕鱼海域、捕鱼方法以及有关禁忌等等。雅美人祖先视为吉兆，遵嘱出海，果然满载而归。雅美人从此以猎捕飞鱼为业，衣食丰足，并以隆重祭仪酬谢飞鱼王，同时立下禁规，世代相袭，恪守不违。每年三月渔汛初潮至十月禁食飞鱼，断断续续长达10个月。仪式繁复，禁忌颇多。
按照猎鱼程序，三四周飞鱼旺季，以部落为单位组织船队夜间出海，先后举行招鱼、丰渔、初夜、尝新、解散等仪式。船员戴银盔、坎肩，给新船、渔具、火把、竹筒等许血禳祓，唱招鱼歌，祈神丰渔，并绕船狂跳呐喊作驱鬼状。船员集体食宿，住处围以篱笆，防范恶灵侵扰，禁止接触异性。初尝新鱼须祭奠鱼灵，酬神谢祖。四月船队解散开禁，撤去宿地篱笆，船员回家食宿，以家庭为单位驾舟白天捕捞，直至六月，其间举行昼渔、昼食、贮藏等仪式，除照例为小舟、渔具等禳祓之外，取淡水烹煮飞鱼三条，合家默祷聚餐，并将晒干之鱼贮瓮备食。七月一日终止捕鱼，家家户户打扫庭院，宰一山羊，举行终食祭。十月禁止食鱼，家藏鱼干，最后一顿食后，剩余部分抛至野外，以示‘终食”。
祭祀与捕鱼期间，恪守不交合，不越界捕鱼，煮与吃鱼时不开膛破肚，不投石于海，不喧哗嘻闹，不吃掉地之鱼及豆、姜、柑等诸多禁忌。