独山玄妙观 又叫册顶独山祖师宫，原属全国四大道教丛林之一的玄妙观下院，规模宏大，人称南武当北独山。
玄妙观座落在河南南阳旧城西北隅之梅溪河畔。《老子》曾云：“玄之又玄，众妙之门。”以玄妙名观名，寓意道之博大深奥。玄妙观与北京白云观、济南长青观、西安八仙宫并称全国道教四大丛林。观内历守道教丛林清规，八大执事齐全，产业为十方道众所共有，住持、执事及所有道众不得收授门徒。南阳北郊独山祖师宫、方城县博望镇三元宫和南召县板山坪乡华阳宫，均为玄妙观下院。
道观始建于元代至元年间(1264年-1294年)，明唐藩时重修。殿宇雄伟，庭园佳秀，是豫西南道教中心。清代顺治、乾隆、咸丰年间屡有修缮，规模日益扩大，增建楼阁殿堂达310余间；占地面积150余亩，田产达7700多亩；拥有道众数百人。《清康熙通志》记载“（玄妙观）园亭甲于一郡，黄冠行住动辄数百人，为京师西南道观之最”。
玄妙观组织健全、戒律严明、道风纯正，道众们修心养性、苦志参玄并常行济世度人之功。清雍正八年，朝廷为了表示对南阳玄妙观的肯定和嘉奖，特颁赐斗姥神像一尊，并赐“慈云法雨”匾额，同治元年又赐《大道藏经》一部，光绪年间朝廷再赐“惠浹中州”和“全真广学”两块匾额，使玄妙观名声远播，成为可与北京白云观、山东长青观、西安八仙庵相媲美的中国道教四大丛林之一。
鼎盛时期的玄妙观气势恢宏，布局完整。座北向南，以中轴线建筑。中轴线上自南至北依次是无梁殿（无量殿）、“惠浹中州”牌楼、山门（又名二神殿）、四神殿、三清殿（正殿）、玉皇殿(西侧为关公殿、东侧系文昌殿)、祖师殿、斗姥阁；中轴东侧自南至北依次为灵官殿、太公殿、三官殿、韩祖殿；经东门达东偏院，自南至北依次为十方堂、武侯祠、藏经阁、吕祖殿。泥牛古迹碑在东偏院的东侧拐院内；中轴线西侧自南至北依次为土地城隍殿、七真殿、五老殿、张祖殿；
经达西侧偏院，自南至北依次为大斋堂、大厨房院、道院、功德祠及西北园大斋堂。道观布局严整，殿宇雄伟，苍松翠柏，园亭佳秀，形成了完整的建筑群落。尤其是1906年建成的“惠浹中州”牌楼，华丽轮焕、流光溢彩，斗姥阁高出城垣，巍峨壮观，十里外可见。藏经阁藏储国宝典籍《大道藏经》，声闻海内。西北园占地5亩，凿地为池，叠石为山，池荷山亭，桥横廊回，茂林修行，移步为景，开南阳园林建筑之先河；泥牛碑记载了刘秀战小长安，夜战失骑，老君堂泥牛助战，转败为胜的一段传说。当时南阳北郊独山祖师宫、方城县博望镇三元宫和南召板山坪乡华阳宫为玄妙观下院。
据史料记载：观之西北隅为西北园，俗称荷花池，是一座古代园林建筑。园前之五桂堂，因五株桂树而得名。堂后凿地为池，广褒数亩，复以周廓，环以曲栏，栽荷养鱼。聚石为山，上建小亭，名曰“浣香亭”。石山西边有精舍三楹，原名“环翠”，后改“清晖”。石山东南，小桥横跨，再南有石台出于水中，称“月台”。上建有室，额曰“秋香画舫”。画舫之后，沿阶可登假山，上有茅亭，称“得月亭”，可与“浣香亭”相望。每年夏秋，荷香四溢，这里便是达官显贵的游览之所。
解放后南阳县人民政府驻玄妙观后道教活动停止。1978年中国共产党十一届三中全会拨乱反正，党的宗教政策得到全面落实,南阳市政府下文开放独山祖师宫，并将玄妙观迁移到独山脚下。2020年重建玄妙观。经有关方面的大力支持协助，购置土地，现已建成三清殿、娘娘殿、药王殿、太公殿等殿堂，此举引起海内外关注，恢复玄妙观，重现道教四大丛林之日已有了光明的前程！