中华人民共和国拱北海关是直属于海关总署的进出境监督管理机关。其前身为拱北关，始建于1887年，距今已有120多年的历史。关区管辖范围包括珠海市和中山市。下设副局级机构2个，处级机构56个（其中隶属海关、办事处10个），科级机构279个。
拱北海关的建立，与澳门主权的变迁有着极大的联系。
原属香山县的澳门，自古就是中国领土不可分割的一部分，南宋以来归属于新建制的香山县管辖。1535年，葡萄牙人买通明朝管理沿海巡防事务的海道副使，得以在澳门停留船只；1553年，又借口晾晒货物行贿，正式取得澳门留居权。早在葡萄牙人初入澳门的1535年，明政府就将设在电白的管理沿海贸易事务的机构“市舶提举司”（海关前身）移设澳门，每年委派官员会同驻香山县官员对来澳门进行商业贸易的外国船舶征税。1684年，清廷在平定台湾后开放海禁，正式建立粤、闽、浙、江四大海关，在澳门设“粤海关澳门总口”，总口下设南湾、娘妈阁、大马头和关闸四小口，成为中国政府在澳门最早设立的海关机构。
鸦片战争爆发后，居澳葡人趁火打劫。1847年，悍然驱逐关部行台南湾税馆的官员，并将税馆房屋公开拍卖。1849年又封闭关部行台的大门，不向关部行台缴税，澳门总口被迫迁往黄埔。
1858年第二次鸦片战争后，鸦片贸易合法化，由于清政府在澳门及其外围既无关卡，又无厘金，通过澳门走私鸦片的情况日趋严重。1868年，两广总督为了挽回鸦片税收上的损失，命令广东省厘金局在澳门外围的前山河和停泊在拱北湾口的巡轮两处设立厘金卡；1871年，粤海常关又根据总理衙门的批示，在前山、拱北湾（后改为小马骝洲岛）设立常关税厂，在澳门外围建立海关机构，征收关税；1887年3月，中、葡、英经过近一年的谈判后，达成协议：以中国承认葡萄牙永居管理澳门为补偿，澳门同意仿效香港协助中国海关办理鸦片税厘并征并防止走私事宜；澳门四周的常关关卡划归中央即由总税务司管理，实行鸦片税厘并征。4月2日，税务司法来格到拱北接管了马骝洲、前山等常关税厂及其所属的缉私卡，拱北关正式成立。
总关设在澳门，仅办理文书会计等室内工作；外围在关闸的西瓜铺村边的拱桥至北岭白石河以南一带，建立六个关卡（当时称作厂），执行进出口货物的实际监管、查验、征税和缉私等工作；海关总管设于北岭的狮山（后称炮台山），称为一厂；前山河设有通行船作为水上关卡，称为二厂；从拱北至拱桥地段，称为三厂；以拱桥的“拱”字和北岭的“北”字来定名拱北关，“拱北”名称沿用至今。
抗战时期，中山县于1940年5月全面沦陷，拱北关所有人员及缉私舰艇撤到澳门，后分别调往各地海关。1946年2月，拱北关复关，总关仍在澳门，支关分别设在石角、三厂、马骝洲和九洲四处，并且在湾仔、炮台山分别设立支所和陆路边境缉私总站。
拱北关建立后直到解放时止，同国内其他海关一样，关税自主权、行政管理权均把持在外国人手中。1949年11月，拱北地区解放，11月5日石岐市军事管理委员会派鲍康尧（南屏村人）为军代表接管了拱北关，结束了外国人把持拱北关的历史。
1950年1月，中央人民政府政务院海关总署通告，拱北关易名为“中华人民共和国拱北海关”，直至今日。