慈恩寺位于辽宁省沈阳市沈河区南大街三段，东临万泉河，有万柳塘公园、带状公园环绕，优雅而清净。该寺始建于唐朝，重建于后金天聪二年(1628年)，寺内碑文有载“天聪二年复兴古刹”云云，清顺治元年(1644年)建成大殿、韦驮殿、两廊。后因年久失修而洇没。
民国元年(1912年)，步真和尚主持重修，先后建山门、天王殿、配殿、钟鼓楼、禅堂、念佛堂、两廊、比丘坛。民国八年(1930年)最后完成大雄宝殿。
寺院坐西朝东，院内建筑分三路，占地约12600平方米，正面有山门三楹，小式硬山造，灰瓦顶。跨过山门，南侧为钟楼，北侧为鼓楼，均为歇山九脊灰瓦，楼亭为二层围廊，下为方形基座。往西则寺分三路。中路最前为天王殿，面阔三间，小式硬山造，灰瓦顶，朱红地仗，檀枋彩画，殿前檐下左侧置木鱼，右侧置云版，殿内有四大天王和弥勒、韦驮塑像，殿面北两侧有卷棚式门楼。向西依次为大雄宝殿、比丘坛、藏经楼。
大雄宝殿面阔五间，进深三间，庑殿顶，前后廊，檀枋彩画，建在高台之上。 殿内前面正中供奉三世佛，后面正中为航海观音，南面为十八罗汉，北面为四大菩萨。比丘坛，单檐歇山前廊式，灰瓦顶，面阔三间，进深三间，正脊上装有“法轮常转，国泰民安”文字砖，两端有鸱吻，垂脊上有走兽，殿内供木雕释迦牟尼佛像。最后为藏经楼，两层硬山前廊式，面阔七间，楼下为客厅、禅房，楼上存经卷，原藏有明正统五年(1440年)木版藏经1600卷，弥足珍贵。
寺院南路自东而西有退客寮、厨房、司房、齐堂、禅堂、法师寮、佛学院等；北路建筑有养静寮、客堂、念佛堂、住持室、十方堂、库房等。全寺共有房屋135间，建筑面积达2995平方米。
慈恩寺是沈阳最大的佛寺，有“十方丛林”之称。清朝顺治五年(1648年)春末夏初，从京都押来一个南方和尚，是钦犯，法名函可，字祖心，号剩人，他就是慈恩寺最有作为的剩人和尚。
和尚原是江南名士，俗姓伟，广东博罗人，是明末礼部尚书韩日缵之子。他早年曾中秀才，29岁时父亲故去，便在罗浮山落发为僧。有一次他在南京印刷藏经，正赶上清军南下，目睹那些曾经作威作福的明朝达官贵人非逃即降，人民深受战乱之苦，他痛心疾首，遂写了《再变记》一书，记述了清军进犯南京的实况。不料当他出城返寺时，此书被清兵搜出，遂成一椿要案，剩人因此被押在京师受审，后来被流放到盛京，敕住慈恩寺，成了身陷清朝文字狱的第一人。
剩人和尚在盛京和一些文人儒士交游谈心，于顺治七年(1650年)组织了一个“冰天诗社”，这是沈阳最早的一个文学团体。文人们常在一起吟诗作赋，相互唱和，活跃了文坛气氛，有一年盛京从春到夏，天旱无雨，城内外瘟疫四起，死亡人数众多，大街小巷一片萧疏，剩人和尚率全寺僧人去郊外采摘草药，诸家施送，劝人钦服，使许多病人转危为安，因此他在百姓中声誉甚高。他还在盛京许多寺庙中宣扬佛法，被奉为辽沈地区佛教开山祖师，顺治十六年(1660年)，他坐化于沈阳，终年49岁，众弟子将其遗体迁往千山，在璎珞峰西麓修建了剩人禅师塔，并将其诗文编辑成《千山诗集》、《剩人禅师语录》刊刻问世。
1949年以来，慈恩寺一直为省市佛教协会所在地，殿堂经过多次维修，已恢复原貌。1985年被列为沈阳市文物保护单位，1988年又被列为辽宁省文物保护单位，现为沈阳市佛教协会所在地。