崇教寺始建于明代洪武十六年，即公元1382年，迄今为止已有六百多年的历史。原寺庙建在盖州城的西门外，清康熙十一年（即1672年）重新修建时，方迁到上帝庙对过的路南，现存的建筑距今也有三百多年的历史。民国初年，盖平商会曾设在崇教寺院内的东西厢房内，当时商会立的抹银碑仍存在正殿房后。
崇教寺俗称“孔子庙”。
明朝盖州卫是辽东半岛的一处重镇，也是历史上兵家必争之地，曾在此发生过数次战事，明廷重视这座历史悠久的重镇，因此建朝之初便在这里建置庙宇，以敬天祀神，祈福教人。盖州历有崇尚儒术，遵崇道德之风，建立崇教寺正是政客骚人云集宜道之处。
崇教寺坐北朝南，三进院落，正门设在旧银市街，院内的建筑由北向南依次为崇圣祠、大成殿及东西配庑、大成门、东西牌楼、照壁等建筑。其中大成殿面阔五间，进深四间，东西长18.3米，南北宽9.92米。大成门面阔三间，进深三间，东西长10.7米，南北长8.8米，成大殿属于硬山式建筑，为大木架结构，殿顶为青瓦顶五脊。正脊及山墙的屋檐浮雕花纹，细致绝伦。因年湮岁远，正脊两端的鸱吻，垂脊上的跑兽，如今已荡然无存。
现院内仅存大成殿，大成门及东配庑。原寺内的碑石和赑屃仍埋于地下。曾在院内出土的一对石狮现立于盖州钟鼓楼的山门前。如今院内的几棵古槐虽经三百多年的沧桑变换，愈发青翠欲滴，郁郁葱葱。
2020年辽宁省人民政府（辽政发[2020]27号）公布崇教寺为省级文物保护单位。