十三帮会馆建于清乾隆二十七年（1762年），经嘉庆、道光、咸丰、同治至光绪二年（1876年）年落成，十三帮会馆为当时经营药材的商人在禹州集资营建的一座雄伟富丽，具有鲜明地方风格的古建筑群，为商人集结，议事的重要场所。
禹州是中国古代四大中药材集散地之一，因交通便利，清乾隆以前，历代都曾设清颍驿站，禹州的药材交易从唐代就已开始，规模日益扩大，影响日益深远，继而形成各种药商帮会，各式会馆建筑也建造起来，形成独特的药文化。仅各省商人建的同乡会馆就有：怀帮会馆、十三帮会馆、江西会馆、山西会馆等。
十三帮会馆原占地20200平方米，座北朝南，以山门、九龙壁、戏楼、关帝庙为中轴，由东西廊房、西配药王殿、东配火神殿、钟鼓楼、东跨院与议事厅几部分古建筑群组成。
十三帮会馆位于禹州城区西北隅，居山西会馆南侧、怀帮会馆西侧。清同治十年（1871年），会首郭广德、连文中、潘升炎、阮耀祥、王凌云、常天福、高有帮、蔡汉文、胡乾之、王二元、范廷栋等，捐钱创修十三帮院墙及关帝庙。清同治十二年（1873年）六月，药行帮、药棚帮、甘草帮、党参帮、茯苓帮、江西帮、怀庆帮、祁州帮、陕西帮、四川帮、老河口帮、汉口帮、宁波帮等十三个药帮，集资购地1.33公顷（20亩），共建“十三帮会馆”。清光绪二十年（1894年），会首徐长聚、武清、耿金镛集资创修十三帮药王殿、演戏楼。清光绪二十六年（1900年），十三帮会馆厨房、养病院、阴宅院、道院、二门、影壁墙建成。清光绪二十九年（1903年），十三帮又建会议所一处。
在布局上，十三帮会馆分庙院、中配院、会议所三部分。其中，庙院位于会馆西侧，由九龙壁、铁木旗杆、山门、钟楼和鼓楼、戏楼、东西廊房、拜台、拜殿、大殿和配殿组成。整体建筑坐北向南，前低后高，布局严谨。山门外，南围墙与九龙壁结为一体，墙内为东西向砖铺甬道，东端为临街大门。九龙壁由彩釉方砖拼砌而成，底部为巨大的方形青石雕座，群龙盘绕，栩栩如生。山门外有一对雌雄石狮分立两侧，山门两端为八角腾空、两层起架的钟楼和鼓楼。戏楼下部居中轴线有一拱券过洞，可直通后大殿，两侧筑有高墙，各有高大砖拱圆形券门。庙院铺满红方石，居中一株国槐枝叶茂盛，遮天蔽日。东西厢房门前栽培名贵月季，房后古柏参天。
沿中轴线后行至拜台，拜台为双侧台阶，中嵌石雕，台面三丈见方，东、南、西三边以石栏相围，石栏间立方柱，柱顶有猴、桃等精美雕刻。越过拜台是拜殿和大殿，大殿为木结构建筑，单檐斗拱，以彩釉琉璃瓦盖顶，五脊有琉璃彩砖盘龙飞凤、兽头、人物等艺术装饰，四隅挑角，玲珑别致，巍峨壮观。中配院迎九龙壁为琉璃瓦顶、五脊六兽的辕门，进门沿中轴线铺有青砖甬道。整个中配院为一四合院，其中北上房为青砖琉璃瓦、明三暗五的大客厅，可作为迎宾谋事之地。东跨院为会议所，是接待宾客及聚餐之地。
十三帮会馆历经沧桑，主要建筑九龙壁、铁木旗杆、山门、钟鼓楼已荡然无存，直至2020年，尚遗有十三帮创始碑记一通、界石一块、扇形及长方形石额各两块。其中扇形石额一刻“赏花”，一刻“酌酒”；长方形石额一刻“光绪癸卯十三帮会馆阖社仝立”，一刻“光绪丁未会议所药商仝立”。界石上款为“墙基余地五尺宽”，正文为“药帮会馆西墙地界”，落款为“同治拾贰年六月修建”。碑记全文曰：“阖社公议，不许将庙中房屋借与外人使用，倘有本帮人私借与外人者，罚酒席十桌”，落款为“光绪二十九年立”。
民国初年，军阀混战，会馆成为军阀部队的常年驻地。1922年，陕军曹世英一部占据十三帮会馆为司令部，曾与红枪会在会馆周围展开激战。1926年至1930年，十三帮会馆相继被李镇亚、王老五、刘黑七等土匪、军阀长期盘踞。1932年，十三帮会馆被设为刑场。1936年至1947年，十三帮会馆又被改建为私立东山中学。1947年冬，解放军中原军区司令部由宝丰迁至禹县，刘伯承、邓小平等曾在十三帮会馆办公。
关帝殿，始建于清乾隆二十七年(1762年)。位于中轴线北端，西为药王殿，东面为火神殿（现已恢复）。关帝殿是十三帮会馆建造最早的殿堂。面阔3间，进深3间，悬山殿顶。覆绿色琉璃瓦件。明间额枋镂雕“福禄同寿”，长4米，宽近50厘米。高浮雕、圆雕、镂雕三层相互衬托，下部圆雕两条飞舞金龙，中间为猛虎，两边分别雕鹿、马、凤等珍禽瑞兽，形态各异，栩栩如生。
关帝殿最具特色的是彩绘画，大殿的梁架之上表面全部彩绘。彩绘内容十分丰富，有人物画、故事画、戏曲画、西洋画、儿童戏耍画、有花瓶、熏炉、书函、画卷、乐器、花卉、人物等，或征战、或传说、或典故、或吉祥、或神话，更富有情趣的还有同仁堂银票和算盘。俗话说得好：“算盘一响，黄金万两”，看来算盘不仅是计算工具还是日进斗金的宝器。殿内彩绘富丽，雕刻精美。旧时为谒拜关羽的主殿。
卷棚东西山上墀头砌砖雕构件，正面为刘海戏金蟾，外侧为太公垂钓，内侧为牧童放牛。