南京博物院是中国三大博物馆之一，其前身是1933年蔡元培等倡建的国立中央博物院，是中国创建最早的博物馆、中国第一座由国家投资兴建的大型综合类博物馆，是大型综合性的国家级博物馆、全国综合性历史艺术博物馆。
南京博物院占地13万余平方米，为“一院六馆”格局，即历史馆、特展馆、数字馆、艺术馆、非遗馆、民国馆。另全院设“六所”的研究部门，即考古研究所、文物保护研究所、古代建筑研究所、陈列艺术研究所、非遗保护研究、古代艺术研究所，并设有中国博物馆中唯一的民族民俗学研究机构。
截至2020年，南京博物院拥有各类藏品42万余件（套），馆藏数量居中国前三，上至旧石器时代，下迄当代；既有全国性的，又有地域性的；既有宫廷传世品，又有考古发掘品，还有一部分来源于社会征集及捐赠，均为历朝历代的珍品佳作和备受国内外学术界瞩目的珍品。青铜、玉石、陶瓷、金银器皿、竹木牙角、漆器、丝织刺绣、书画、印玺、碑刻造像等所有文物品类一应俱有，每一品种又自成历史系列。
南博藏品一部分接收自中央博物院筹备处，另一部分来自中华人民共和国建国后的考古发掘、征集、收购、捐赠、接收及交换。藏品的年代从旧石器时代直至当代，种类有石器、陶器、玉器、青铜器、瓷器、书画、织绣、竹木牙雕、民俗和当代艺术品等。
2020年，经过专家甄选和市民投票，共评出18件南京博物院“镇馆之宝”：
1、镇护之宝 金兽
这只西汉时期的金兽是1982年正月初七，盱眙县马湖店村农民万以全挖水渠时发现，通高10.2厘米，身长16厘米，身宽17.8厘米，重达9100克，含金量达99%，空腹、厚壁，浇铸成形，是迄今我国出土文物中最大最重的金器，金属铸造和捶击工艺完美结合的真罕实物，被誉为”国之瑰宝”。
2、御窑之宝 釉里红岁寒三友纹梅瓶
明洪武釉里红岁寒三友纹梅瓶是明代陶瓷器，1957年3月出土于南京市江宁区东善桥响龙山明代墓葬，为国宝级文物，是现存惟一一件带盖子而且保存完整的洪武釉里红梅瓶。此梅瓶造型优美，器型完整无缺，岁寒三友指松树、绿竹、梅花三种常绿植物，象征着高洁的志向。
3、通天之宝 透雕人鸟兽玉饰件
透雕人鸟兽玉饰件出土于1991年，昆山市赵陵山遗址77号墓中。赵陵山位于昆山市张浦镇西南，属长江三角洲太湖水乡地带新石器时代遗址。
该饰件出土时放置在墓主右脚下的一个石钺圆孔处。据钺上部的朱色、缚痕和现场遗留的朱彩图案痕迹等判断，石钺原为带柄器。钺作为一种由武器演变而来的礼仪之器，显示着墓主人生前拥有的军事权威。透雕人鸟兽玉饰件应是钺上附加饰件，具有极高的历史价值和工艺价值，是我国出土时代最早的人鸟兽图案透雕精品，良渚先民通天神、显权威的神秘象征物。
4、贵媛之宝 金蝉玉叶
1954年，在苏州五峰山博士坞的明代弘治年间进士张安晚家族墓地14号墓发掘中，考古人员惊奇地发现了这件金蝉玉叶，出土位置在墓主人的头部，同时出土的还有银笄二件、金银嵌宝玉插花四件，证明这件物品是贵族女子头上的发簪。
一只神形毕肖、金光闪耀的蝉立于玉叶上。它侧身翘足，双翼略张，嘴巴微开，蝉翼左右各两。玉叶系用新疆和田羊脂白玉精工琢磨而成，叶片打磨细薄呈凹弧状，分为八瓣，是一件构思巧妙、制作精美的稀世工艺珍品，妙趣横生、令人惊艳的罕见闺房至宝。
5、神异之宝 青瓷神兽尊
西晋青瓷神兽尊在1976年出土于宜兴周处家族墓周墓墩中。神兽尊造型略微呈梨式，肩部两侧和腹部各有三只横系，上大下小，作品字形排列，平底微内凹。此青瓷神兽尊体量大，神兽的神态惊人，全身刻满纹饰，造型独特而又具有西晋瓷器的典型特征，是我国最早有铭款的瓷器之一。
6、护佑之宝 银缕玉衣
银缕玉衣在我国仅发现一件，1970年出土于徐州市东汉彭城王刘恭后裔的墓中。玉衣全长1.70米，玉片2600余块，银丝约800克，形状与金缕玉衣相似。这是我国第一件经考古发掘、科学复原且品相完好的汉代银缕玉衣。
7、祭礼之宝 人面兽面组合纹玉琮
人面兽面组合纹玉琮为新石器时代玉器，系透闪石软玉制成，呈乳白色隐现翠绿、赭红斑纹。造型为矮方柱体筒形，外方内圆。孔为两面对钻而成，琢磨光滑。
这也是新石器时代良渚文化琢玉工艺精妙绝伦的代表作，良渚人最富有特色的原始宗教信仰标志物。
8、弘觉之宝 鎏金喇嘛塔
上世纪50年代，在牛首山弘觉寺塔地宫出土了一件鎏金藏式佛塔。这是明代佛教工艺绝品，国内出土唯一一件“迷你型”鎏金喇嘛塔。
这个鎏金喇嘛塔非常精美，在喇嘛塔的四周还有兽角佛像、瓷罐、玉瓶等。塔身有四个壶门，内有释迦、韦陀佛像，上施有相轮、十三天、宝盖、宝珠等。塔内须弥座上布置有一组佛像，须弥座内藏有珍珠、宝石、水晶、玛瑙、玉石、骨灰等物。整个鎏金塔安放在一个红色砂岩雕成的须弥山形基座上，四面雕刻胡人献宝、双狮戏球、双鹿嬉戏、蛟龙穿浪图案。塔座下枋刻：“金陵牛首山弘觉禅寺永充供养”，背面是“佛弟子御用监太监李福善奉施” 。