石门山位于曲阜城东北25公里的曲阜、泗水、宁阳三县交界处，因山形似蟠龙之状，故有“龙门山”之称。这里风景优美，云蒸霞蔚，又有“云山”、“云亭山”之谓；又因两山对峙如石门，故俗称“石门山”。
石门山山峰高峻，泉涧纵横，洞壑深幽，古木苍翠。登上山顶，远眺泗河如带，蜿蜒曲折；俯看池塘若镜，碧波荡漾。“岚光青到枕，秀色耐人餐”，这里，历来是登高观赏自然风光的好去处。
石门右侧的胜涵峰为全山主峰，海拔406米。峰顶原有泉，流入溪涧成瀑布。山色秀丽，有含珠台、漱玉井、春山馆，秋水亭、金银山、冰雪涧、鹿游岭、鹤梦楼、濯缨泉、寻药径、千寻土、一丈碑、石笋林、藤花幄、幡龙洞、鸣凤岗、孤雲堂、斜日店、滚丹峪、抱虎崖、修月磴、问天阁、草衣庵、油篓峡24景，尤以石门月霁为曲阜胜景，列为曲阜十景之一。景点主要集中在石门寺周围。
沿山路而上，浓荫匝地，山花烂漫，南天门前立有孔尚任《建秋水亭记碑》，碑阴刻有杜甫石门宴集诗。孔尚任隐居石门山期间曾募集资金重修山容，写下了《募修玉泉寺疏》、《樵约》等文章。南天门之东为含珠台，是唐代诗人李白杜甫宴别处，今人题刻李白的《鲁郡东石门送杜二甫》诗于其上。
过南天门右转，便至石门寺。石门寺在元代名全真观，是峄山道场的下院，明景泰年间改为佛寺，更名玉泉寺，寺在石门山，人们习称石门寺。
寺有房四十余间，多为和尚居所，神像等供于东南千佛殿一院。主殿供三世佛，十八罗汉、观音菩萨，西厢供地藏菩萨，东厢不供佛像，却供关公，以周仓、关平陪侍。
1985年石门寺建筑群被公布为济宁市文物保护单位，1992年被国务院批准为国家森林公园，2020年被公布为山东省文物保护单位。
出寺沿山路继续北进，迎面供药王华佗，北行则有潄玉井、卧龙井、芙蓉岩、一丈碑等景点，芙蓉岩形如将绽的花蕾，非常形似，一丈碑刻有清乾隆间曲阜名人颜崇椝等人的题记。再北则为唐代竹溪六逸之一张叔明隐居处。登西山，可参观蟠龙洞、孔尚任隐居处，登东山，可寻孔子系易故址、子路宿处遗址。顺涧而下，玉泉、濯缨泉、藤花幄、龙泓、冰雪涧、石笋林步移景换，目不暇接。
石门山一向为游览胜地。早在唐朝，大诗人李白、杜甫结伴东游，“醉眠秋共被，携手日同行，”足迹踏遍石门山。杜甫曾写下了《题张氏隐居》、《刘九法曹郑瑕丘石门宴集》两首诗。当这两位伟大的诗人在东鲁分别时，曾在石门设晏，依依话别。李白写下了脍炙人口的《鲁郡东石门送杜二甫》诗，“醉别复几日，登临遍池台。何日石门路，重有金樽开？秋波落泗水，海色明徂徕。飞蓬各自远，且尽手中石杯。“诗圣诗仙别绪怅，期待着石门再会，金樽重开。
清代著名戏作家孔尚任和石门山有着不解之缘。康熙十七年（公元1678年），孔尚任约族弟尚恪、尚悼同游石门山，时值重阳佳节，枫林如醉，丹柿悬金，他们为石门山的景色所陶醉，三人当即洒酒为盟，要聚钱买山隐居。但尚恪早死，未能如愿。
孔尚任独自一人在胜涵峰阴叠石结庐，取名孤云草堂，潜心读书。康熙二十一年（公元1682年）他被六十七代孙、衍圣公孔毓圻敦促出山，主修《孔子世家谱》、《阙里志》。
康熙二十三年（公元1684年），康熙皇帝来曲阜祭祀孔子，孔尚任被推荐为引驾官，并为皇帝讲经，深得康熙赏识，破格授为国子监博士，被调进京。孔尚任大喜，但入京后，“梦寝之间，不忘故山，未卜何年，重抚松柏，石门有灵，其绝我耶？其昭我耶？”石门果然有灵，康熙四十年（公元1701年），石门山接回了罢官的孔尚任，并让其在这景色秀丽的山上终其天年。
《冒雨过石门山》
孔尚任
山尾山头拖翠长，吟鞭摇雨路苍苍。
不成村舍三家住，稍有田塍半段荒。
铺地云容如海市，遮天峰势似边墙。
溪回岭转无穷态，直到门前见夕阳。
孔尚任字聘之，别号岸堂，自称云亭山人。孔子六十四代孙。三十五岁前隐居石门，结草庐三间，名“孤云草堂”。清康熙年间受赏识，步入官场。罢官后重回石门山，直至去世。孔尚任一生跌宕起伏，诗集《湖海集》、《岸堂集》、《长留集》等传世不衰，其代表作就是文学巨著《桃花扇》，同当时戏曲名著《长生殿》，堪称传奇剧本中的双璧，使中国古典戏曲的创作达到了巅峰。《长生殿》创作者洪升和孔尚任便享有了“南洪北孔”的美誉。