佛教重视检讨自己的错误，因此有个别忏悔和集体忏悔。
集体忏悔是举出每个人易犯的恶行写成忏文，在佛前忏悔礼诵，如梁皇忏、大悲忏、三昧水忏等。特别是三昧水忏，对一般人所常犯的粗细恶行更是描摹尽致，读了之后，好像在明镜中照见了自己面上的污点，不由得不使人毛发悚然，生起深切忏悔的心。因此，赞叹不已，到处风行。这部忏共有三卷，流传至今已有一千多年的历史。
说到这部忏的来历，却有一段故事。
这部忏是唐代懿宗时高僧悟达法师所编写。
悟达法师是四川峨嵋山洪雅县人，俗名陈知玄，字后觉，书香门弟之家，母魏氏，梦月入怀而受孕，生法师。悟达法师幼小便很聪慧，三岁时，见到佛像就欢欣跳跃，可见宿根深厚。年五岁，已能出口成诗，祖父命他做一首咏花的诗，他随口吟出：“花开满树红，花落万枝空，唯余一朵在，明日定随风。”祖父觉得他出口大有禅理，将来可能会成为一个高僧。七岁时，悟达法师听了法泰法师在宁夷寺讲《涅槃经》，就明悟前因，当夜梦见寺中佛像，伸金色手臂来摩他的顶，到十一岁时，就禀告祖父要求出家，祖父知其根器，也不加强留，他就此削发作沙弥。
法师的剃度师一见到他，就知道他是法器，并对徒众说：“此人将来能作如来使，度化无量有缘人。”因而特为他讲《涅槃经》，经中奥义，他已能大体领会。悟达法师十三岁时，丞相杜元颖出镇西蜀，就邀请他到大慈寺讲堂中说法。由于他舌灿莲花，妙合群机，因此出家和在家佛徒来听讲的每天达数千人。大家都专心静听，惊叹不已；从此，四川人再不敢因小沙弥而轻视他，大家尊称他为陈菩萨。
接着，他去京中讲道，听讲的人越加多矣，迟来一些的人几乎没有立足之地。唐文宗召他入内廷，殷勤顾问，非常敬爱他。
但他并不满足，继续在安国信法师处学“唯识论”，同时还深研外典经籍，对诸子百家无不通晓。由于他的乡音很重，使听法的人不能完全领会佛教的意义，因而，他就发大愿到象耳山虔诚修法。诵大悲观世音菩萨千手千眼陀罗尼咒，终于获得不可思议的感应，在恍惚中见一神僧为他截舌易新，醒来后土音没有了，居然能操纯熟的秦语——当时西北一带流行的语言。
到唐武宗时，崇尚外道，要灭佛教。悟达法师是佛教的柱石，就尽其力量挽救法运，他建议集合僧侣和道士开个辩论教义优劣的大会。这个建议被采取，就在麟德殿会集僧侣与道士，据理辩论，并邀请达官贵人中一代名彦，设席旁听。
辩论的题目是：“神仙是不是可以学？”道士中长于辩论的都发表他们自己教理的长处，说修仙可以长生不老，脱胎换骨。悟达法师单独一人为佛教代表，舌战群英，如宝剑之新出于硎，锐不可当。他坦诚地指出武宗所走的路线是错误的。道流诱惑皇帝去学仙是不应该的，作为一个帝王应该崇正道，立教化的根本。至于神仙之术是退隐山林之人的事，而且还必须要有夙因，否则决不能在一生学成。他的言词如河水下倾，洋洋洒洒，那时在场旁听的都为他担心，恐触怒皇帝，遭到不测之祸。武宗被他严正的理论所感动，并不怪他的直言，还表扬他的卓识宏辩，可是他先入之见已深，终于不能改变其观点。
法师知道大势不能挽回，只得告退，静待时机，再弘法化，就驾扁舟入湖湘，住在一个小村里。
那时给事杨汉公在桂岭知晓后，邀请他去开元寺。没有多久，宣宗皇帝登位，因杨给事定乱有功，很听信他的意见，杨给事恳请朝廷复兴佛教，并奏请皇上礼聘悟达法师进京为帝说法。
悟达法师得到皇帝使臣的邀请，就穿了一袭破衣回到首都，住宝应寺，开讲大乘佛法。由于他的说法深合机宜，因此获得宣宗皇帝颁赐袈裟并尊称他为三教首座，同时还把旧的藩邸建造成法乾寺，诏他住在寺内的玉虚堂里。
大中三年诞节，皇帝下诏谏议李贻孙、给事杨汉公，叫他们召集僧侣与道流宣扬佛教和道教的义理。
悟达法师讲演佛法中种种殊胜，说得宣宗皇帝大为感动，由此信仰佛教，发布命令，把天下毁废的寺基重新修建。佛法的复兴得悟达法师宏护的力量是很大的。
唐僖宗幸蜀的时候，悟达法师写了一封信派郭遵泰向皇帝去慰问，僖宗很是喜悦，就派使臣去肩舆迎请，等到接见谈论，悟达法师口如悬河，使僖宗顿时心意开解，欢喜无量。当时帝命群臣，拟一个尊号赐给法师，可是群臣所拟的均不合皇帝的意旨，僖宗就亲自挥毫赐以“大德悟达法师”名号。悟达法师以特殊因缘受到唐代五位皇帝的恭敬，在僧侣中确是少见的胜事。
当悟达法师初到京城还未显达的时候，他在路旁见到一个比丘，满身生着恶疮，臭气四溢，人们都不敢亲近，无人照顾。悟达法师知道菩萨戒律，最重视看护病人，对病人应当给以方便，至心供养，否则就是犯戒。因此，他就发心对这个比丘悉心护理，日夜服侍，非常周到，毫不厌倦。
原来这个比丘是佛的弟子十六大阿罗汉之一迦诺迦伐磋尊者，化身来到人间接引有缘者。他特地现作身生恶疮，使人厌恶，在广大人海中作试金石，看信佛的人是不是有真实的慈悲心。悟达法师被证实确有慈悲心。不久，这个比丘恶疮痊愈了，就向悟达法师辞行，并对他说：“我在这里作客，突然身患恶疮，举目无亲，困苦不堪，如果不遇到你这位高人，我的生命恐怕不能保全。蒙你爱护，始终不懈，大恩高义，我一定要报答的。现在我有一句话，希望你记住，不要忘记：我是四川人，你以后如有难事，可到西蜀彭州九陇山来寻找，我的门前有两株很高的松树。”这个比丘说完就作别而去。
悟达法师自从得到帝王们的崇敬，受到优厚的待遇，生活享受甚是优裕。后来左膝上忽然生起一个人面疮，眉目口齿都齐全，给以食物，就能吞受，日夜相缠，痛苦不堪，遍召名医，都无法施救。所谓“妙药难医冤孽病”、实可为悟达法师当日的写照。
光阴如流水般过去，悟达法师患人面疮不觉将近一年。有一天，他忽然想起那个患恶疮的比丘临别所嘱咐的话，就向皇帝请假，到四川去寻那位比丘。到了彭州九陇山，天色己晚，东西寻找，果然见到一处地方有两株高大的松树，就急忙向前跑去。到了松树下，看见前面是一座崇楼广殿，金碧辉煌的屋宇，那个曾患恶疮的比丘，已立在门前相候。大家别后相逢，甚是高兴，那个比丘迎接悟达法师入内休息，问候途中辛苦，并吩咐备办晚餐，等到进水洗尘，饭后略作清谈，悟达法师就以左膝所患怪疮相告，那个比丘回答说：“你不必忧虑，我们这里有一个山岩，岩下有一泓泉水，不论患什么疮，只要用这泉水来洗一下，痛苦立刻除去。今晚你且休息，明天早晨我陪你去洗吧。”
第二天早晨，有一童子来到悟达法师的宿处，说是师父在静坐，特叫他来导引法师到泉水那面去洗疮。到了岩下，悟达法师正想掬泉水来洗疮，可是这个疮忽作人语，大声呼唤：“不要洗，我有重要的话对你说。”悟达法师怔住了，就停止掬水，那疮接着说：“你读过很多的书，可曾读到西汉书袁盎杀晁错的故事吗？”悟达法师回答说：“很早以前读过的。”疮又作人言说：“你原来就是袁盎，而我是晁错啊；当日我因你的一句话被腰斩在东市。这事完全是冤枉的。你害得我这样苦，因此我累次想报仇，可是你十代为高僧，戒行精严，我虽想下手，总是没有机会可乘。去年因你受到皇帝过分宠爱，起了贪着享受的心，使你清德有了损害，因此我才能乘机来危害你。现在蒙迦诺迦尊者，洗我以三昧法水，救拔我超升，使我解脱，从今以后，就不再对你寻怨报仇了。”
悟达法师听后，身毛直竖，掬水洗疮，痛彻骨髓，气绝倒地，过了许多时候方苏醒过来。这时左膝的疮已经不见，连疮疤也找不到。悟达法师深切体会到因果法则的严重，种了善恶因，必然要结善恶果。同时也明白了这个比丘一定是菩萨混迹人间，随机点化，不是凡夫所能测知。当他返身想再去瞻礼，可是跑到先前的地方，寺院已没有了，只有那两株高大的松树矗立着。
他回到京城，想到众生恶业受报的可怕，就编写“三昧水忏”三卷，使大家有忏悔业障的方便，一方面也藉此来报答菩萨点化的恩。他还发愿在这个地方建造一寺以留记念。此寺定名为十方寺。
悟达法师从这以后修持净业更加勇猛精进，一心求生西方，超出三界，在他七十三岁时预知时至，召弟子慧灯，告诉他在火化以后，骨灰和面粉调成食料，半饲水族，半飨鸟兽，来济拔水陆众生，吩咐毕，面西右胁而逝。
这就是“三昧水忏”的来历。