莆田市区西郊山腰间有海蚀洞多处，曾出土新石器遗物，此乃上古人穴居之所，故称石室岩。唐末高僧妙应祖师曾于此建立道场，相传祖师尝驯二虎为骑，故又名伏虎岩。
宋绍圣间岩上始建寺，宋哲宗赐额曰妙应寺。明成化间寺宇废圯明万历礼部尚书莆人陈经邦重建三宝，并于此课子嗣。之后玄帝殿、大士祠、八仙祠、祖师殿相继建成，由是岩上成为荔城释道合壁一胜境。不时山腰青烟缭绕，氤氲空蒙，“石室藏烟”为莆田二十四景之一。此后数百年间屡有重修改建， 1942年移址手建“凌云别殿”，形成现今格局。赤马红羊之运，十年浩劫，胜地一度衰微。释达山坚守石室，维护道场，四十多年。
拨乱反正后，赖四方善士踊跃资助，重兴石室岩。今荔城扩大改建，公路上山，交通方便，岩上宫殿亭台错落有致，流金焕彩，掩映于古林悬岸崖之间，与妙应静修之处海印洞，龙舌洞，宋方左钺题刻“伏虎岩”碣，明建七级四方砖塔基体诸古迹，相得益彰，成为游人凭吊观赏之佳境。
石室岩点头炷香的习俗
石室岩寺内的灵霄宝殿，又称凌云别殿，通称天帝殿，主祀玉皇大帝。玉皇大帝，是道教所信奉的统万灵、主宰人间生死祸福的最高之神。农历正月初九日为玉皇大帝的诞辰日，举凡各地玉皇殿都举行隆重的庆典活动。
该寺的灵霄宝殿也同各地玉皇殿一样举行隆重的庆典活动，除演戏两天外，还有点头柱香的习俗。
相传，每逢玉皇大帝的诞辰日，若能点上第一炷香，定能获得圣恩，合家全年最为平安幸福，因而自明、清以来，每年正月初八晚，不少信众聚集在灵霄宝殿前，彻夜不眠，等待翌日零时的到来。零时一到，信众便即争先恐后进殿焚香朝拜，祈福求安。为使文明进香，安全进香，该殿实行改革，采取报名认捐的办法，于本年正月初九日后开始报名，到第二年正月初八止。
今设十八炷头香，又设108炷头香和几十把手炉，扩大信众的虔诚需求。其点头炷香的程序为：正月初七日上午九时在广场戏台上举行《祈福纳祥大法会》，各手炉认捐依次虔诚进香；初八晚八时，在广场举行《头炷香纳福促和谐社会》，各十八名头炷香认捐者，依次焚香朝圣，准备初九日零时进殿插头炷香；初八日晚九时在广场举行《头炷香法会》，各108名头炷香和几十把手炉认捐者依次焚香朝圣，准备初九日零时同时进香；初九日零时，晨钟敲响，十八名头炷香认捐者，在法师陪同下，依次进殿插上头炷香；其次，各108名头炷香和几十把手炉认捐者也在法师陪同下依次进殿焚香朝拜；再之，所有的殿门大开，殿外、广场上等待零时点头炷香的信众也依次进殿点香。这时，殿前人山人海，数以万计；殿内香烟缭绕，烛光灿烂；殿外花灯如海，鞭炮似潮……处处呈现出“紫城不夜景，梦里通明灯”的景势，与天上的星月相映，恰似一个光明的大千世界，整个石室岩寺，恍若人间的闹市，宛似天上的宝殿。
这初九日，从早到晚，各地来的信众，除本市外，还有来自福清、平潭、永泰、惠安、泉州、厦门、福州等的信众，摩肩接踵，纷至沓来，给玉帝进香。他们都有一个美好的愿望：“祈求新春大吉，财丁骏发，科甲联芳，家中诸事顺意。男女老幼平安，家道步步振兴……
莆田石室岩砖塔
石室岩又名伏虎岩，唐末妙应禅师于此习禅，南宋妙应寺高僧祖贤圆寂后建此塔于寺的西南面，原来是一座五级石塔，刘克庄曾经撰写塔铭。明朝初年，塔遭废弃。永乐年间，重新修建七级砖身木檐楼阁式塔，外形酷似杭州的雷峰塔。
在古时候，人还可以上塔，在每层环绕塔身的回廊塔檐上观光。只可惜，现在的塔只空留塔檐的建筑痕迹，塔廊的砖块已消失殆尽。唯一值得庆幸的是，数百年前用3.86米长的青条石筑就的塔基历经岁月沧桑仍牢固如初。这座砖塔是石室岩的标志。
每当春日晨昏，石室岩常有云雾飘浮缭绕，绕过塔身及丛林灌木之间，水汽氤氲，忽隐忽现，颇具“绿树迷离古刹前，缥缈云山深莫辨”的诗情画意，因而有“石室藏烟”之誉，为莆田二十四景之一。2020年，石室岩塔被公布为省级第六批文物保护单位 。
关于石室岩的七大“秘密”
一、石室岩的前世今生
石室岩寺座落于莆田市龙桥下磨西凤凰山中部。初建于唐代咸通年间（860-874），距今有1100多年。
当年这里还是一片荒山，林木茂盛常有野兽出没。此寺是神僧妙应禅师驯服二虎之地，出入骑虎，故此又名伏虎岩。
宋代从宁五年（1094-1098）赐名妙应寺，毁于元代至正五年（1349）的一场大火，次年开始重建。明清年间先后进行扩建，坐西朝东面对莆田市区。寺庙的几栋主体古建筑历经千年，都评选为了文物保护单位。
二、莆田二十四景“石室藏烟”是怎么回事？
石室岩寺后山洞潮湿，水汽氤氲，春夏之间，洞中水气升腾，烟雾弥漫，这些似烟非烟，似雾非雾的云气弥漫空中。
从山脚仰望石室岩寺，犹如烟雾缭绕之中，犹如海市蜃楼，人间仙境。尤其是每年春季梅雨时节的清晨，这里常有烟雾缭绕，故有石室藏烟之名，位列莆田二十四景。
三、石室岩的香火为何这么鼎盛，全靠他！
石室岩寺内的灵霄宝殿，主祀玉皇大帝。相传玉皇大帝(正月初九)的诞辰日，若能点上头炷香，能保来年平安顺利。从明代开始，每年正月初八晚，许多信徒聚集在大殿前，彻夜不眠，等待翌日零时的到来。零时一到，信徒便争先恐后进殿焚香朝拜，祈求平安。
石室岩砖塔于宋代损毁，明代重建，砖塔在满山苍翠中鹤立鸡群，形似一枝金鞭直插云天。每当春夏之交，云雾时而从这里冒出，像烟囱喷烟一样，蒸蒸日上。
莆仙有一谚语“烟囱若冒烟，家业则兴也”。人们把砖塔当作石室岩香火鼎盛的标志物，更突显了砖塔在该寺的重要性。
四、石室岩的龙舌石是什么？
顺石室岩主殿爬上去，有一块突出的山石，长约2丈，形似舌头，人称“龙舌石”。
石下有洞穴，称海印洞，其上有古榕盘石而生，枝繁叶茂，苍劲挺拔。
榕树竹子周边还挂着无数条许愿带，据说很多要中考高考的学子，都会来这里祈福，常年有算命先生指点迷津。
五、石室岩里面的文人墨宝
石室岩历经千年，无数文人墨客在这里留下墨宝真迹，有粗狂豪迈的大字的石壁雕刻，也有精细形象的院墙字画。
当代著名书法家王琛的很多墨宝可以在这里看到。创作与1991年。
六、关于莆田美食——石室岩煎粿
煎粿是莆田人喜爱的一种地方风味小吃，煎粿香甜有弹性，非常有嚼头，薄如蝉翼，点点的花生微粒衬着碧绿的葱花，紧紧地粘在米粿上面，十分美味。
相传旧时石室岩建寺得到众人的帮助，在寺即将落成之际，无数游人香客前来祝贺。为了答谢大家，妙应禅师亲自下厨，用先磨好的米浆，调好了味道，用瓢洒在铁锅里，以茶油煎成薄片，然后，把炒熟的花生仁捣碎，拌着葱花，撒向煎粿上。于是连续煎了七天七夜，大家尝后无不叫绝口。
从此，煎粿便成为莆仙的一种风味小吃，在民间广为流传，并得到海内外人的喜爱。
七、石室岩的水真有那么好？
现代人去石室岩除了烧香求签，吃正宗煎粿，休闲健身外，还有不少市民是特地去取水的。凤凰山有几处山泉眼，这里也是其中一处，又不少市民还会特地驱车来运。
如今为了方便取水，寺院还特地立了几个水塔方便市民。这水特别清甜，做饭泡茶都比自来水好不知道多少倍。