古鸡鸣寺，位于鸡龙山东麓，是南京最古老梵刹之一。在西晋永康元年(300年)就曾在此山造室，始创道场。南朝梁普通八年(527年)，在鸡龙山创建寺院。寺与壹城(梁宫城)隔路相对，为入寺进出方便，梁武帝特意在宫后别开一门，直对寺之南门，称大通门，取反语以协同泰为名，故名同泰寺。并招令改普通八年为大通元年。
寺内设有大殿六所，小殿堂十余所一座九层浮屠(宝塔)和一座七层高的大佛阁。供奉着十方金佛和十方银佛，皆极壮丽。整个寺院为皇家规制而建，规模宏大，金碧辉煌，盛极一时无愧于“南朝四百八十寺”首刹之誉，为当时南方佛教中心。
从此，这里才真正成为千余年佛教圣地。梁武帝崇信佛教，曾四次舍身于同泰寺，并常到寺内设会讲经、说法，他精通佛律，曾著有佛书数百卷。“侯景之乱”后同泰寺被毁于战火。
五代十国杨吴义顺二年 (922年)，才在同泰寺旧址半基建一城千佛院。南唐时称净居寺，建涵虚阁，后又改为虚阁，后又改为圆寂寺。
至宋代又分其半地置法宝寺。至明初，这里只有一座小小的普济禅师庙，同泰寺旧址，自梁以后，历经隋、唐、宋、元各朝代，虽钟鼓香灯不泛声焰，然而规模卑隘，远非昔时能比。
明洪武二十年（1387年），明太祖朱元璋在完成明孝陵工程后，又命崇山侯李新督工，在同泰寺故址上重建寺院，亲自题额为“鸡鸣寺”。
寺院依山而建，共建殿堂、楼阁、亭室房宇三十余座，占地一百余亩，这座南朝古刹又重现异彩。明时香火鼎盛。据传皇后马娘娘及各大臣眷属也常来鸡鸣寺敬香，并为此特开启了一条进香河，直至山门，鸡鸣寺由此名声大振，四方威名。
明以后，由于年深月久，鸡鸣寺日益衰败。清朝康熙年间曾经过二次大修，并改建了山门。
康熙南巡时，曾登临寺院，为古刹题写了“古鸡鸣寺”大字匾额。乾隆十五年（1751年），为了迎接乾隆皇帝和太后南巡，又重建了冯虚阁。作为驻驿行宫，乾隆也为这座古刹题写了匾额及楹聊。咸丰年间，古刹在太平天国战火中被毁。同治年间重修鸡鸣寺比明时小了很多，寺僧西池法师等募资修建了观音阁，楼内供奉着大慈大悲的观世音菩萨。
鸡鸣寺的观音与众不同，为一尊倒坐观音菩萨像（是面北而望的）。若问何以观音菩萨北向倒坐？则佛龛上的一幅楹聊一语道明：“问菩萨为何倒坐，叹众生不肯回头。”鸡鸣寺从此又称为观音楼。光绪二十年（1894年）两江总督张之洞为了纪念好友及学生。戊戌六君子之一的杨锐，在鸡鸣寺殿后面建楼一座，取当年杨锐反复吟诵的杜甫名诗：“君臣尚论兵，将师暖燕苏。朗咏六公篇，夏来豁蒙楼。”亲取楼名为豁蒙楼。并书写匾额。
民国三年（1914年）寺僧石寿，石霞又在豁蒙楼旁增建一楼。取其古意，名为景阳楼。从明清以来古鸡鸣寺逐步形成为香火道场。一直续到解放后。解放以后，人民政府对鸡鸣寺进行了保护和维修。 1958年改为尼众道场。“文革”期间，鸡鸣寺遭到严重破坏。
1979年政府为了保护名胜古迹，决定重建古鸡鸣寺，将其恢复到明末清初时的建筑规模。1983年动工建筑经历数年，建成大雄宝殿、毗虚宝殿、观音殿、念佛堂、藏经楼、豁蒙楼、景阳楼、钟楼、鼓楼、天王殿、祖堂、客堂、齐堂、僧寮、修复了施食屋、老山门，又建了新山门。
1990年重新建造一座七层八面的药师佛塔，塔高四十四米，塔内供奉一尊明代药师佛铜像。大雄宝殿和观音楼内供奉二尊泰国赠送的释迦牟尼和观音镏金铜座像。并塑了观音正身像三十二尊，供奉于殿内，佛像工艺精湛，造型壮丽生动，佛光熠熠，满殿生辉。
古鸡鸣寺已从香火道场逐步转为尼众学修道场，般若廊为对外宣传佛教教义阵地，寺内尼众佛学院为江苏首创，对进寺信众提倡文明敬香。一座慈航桥，将古鸡鸣寺与室城连成一线，东行可入小九华山，向北为玄武湖。古鸡鸣寺集山、水、林、寺为一体，环境十分幽雅。“鸡鸣春晓”为金陵四十新景之一。现在游人登塔环顾，六朝古都湖光山色，塔城风光尽收眼底。